Graduate Programm Integrated Supply Chain

vor 1 Tag

BielBenken, Schweiz talendo Vollzeit
Graduate Programme Integrated Supply Chain (w/m/d)

PhD position in Digital Pathology

RESEARCH FIELDS: Computational Biology, Bioinformatics, Systems Biology, or a STEM-related field, such as Mathematics, Physics, Computer science.

RESEARCHER PROFILE: Doctoral Candidate (i.e. not already in possession of a doctoral degree at the date of the recruitment)

APPLICATION DEADLINE: 30 January 2025

LOCATION: University of Bern (Switzerland)

TYPE OF CONTRACT: Temporary, 48 months.

JOB STATUS: Full-time

HOURS PER WEEK: 36

OFFER STARTING DATE: Immediately or by arrangement

EU RESEARCH FRAMEWORK PROGRAMME: HORIZON / Marie Skłodowska-Curie Actions / Doctoral Networks

MARIE CURIE GRANT AGREEMENT NUMBER: 101119370

The University of Bern is looking for a PhD student / Doctoral Candidate (DC). This DC position is part of the MIRACLE consortium, a Marie-Sklodowska Curie Actions Doctoral Network that started on the 1st of February 2024.

The primary supervisor for the project is Prof. María Rodríguez Martínez, an Associate Professor in the Department of Biomedical Informatics & Data Science at the Yale School of Medicine and an adjunct researcher with the Institute of Tissue Medicine and Pathology (ITMP), University of Bern. The student will be based at the University of Bern, Switzerland, and will join the group of the secondary supervisor, Prof. Inti Zlobec, a Professor of Digital Pathology at the ITMP. Collaboration between both groups is expected. To ensure this, a portion of the PhD program will be spent at Yale University.

Tasks

  • Develop a multi-scale model of the immune system to investigate inflammation by extending existing models (focused on T and B cell biology) to include macrophages.
  • Train this model using both publicly available single-cell data in CMD diseases.
  • Using the developed model, characterize the dynamical interplay and cellular communication between T cells and macrophages in atherosclerosis.
  • Integrate spatial molecular data generated by MIRACLE partners to enable accurate cellular simulations of CMDs.
  • Investigate and address uncertainties in AI models, adapting current reliability benchmarks for the analysis of single-cell datasets.

Expected Outcomes

  • Development of an accurate model for the mechanistic investigation of chronic inflammation and CMD.
  • Innovative models to explore therapeutic interventions in CMD.
  • Development of new interpretable deep learning methods for multi-omics data integration.

Requirements

REQUIRED EDUCATION LEVEL

A degree (MSc, or equivalent) in Computational Biology, Bioinformatics, Systems Biology, or a STEM-related field, such as Mathematics, Physics, Computer science, etc. Additionally, a good understanding of Health or Life Sciences, for example, Biology, Microbiology, Molecular Biology, Immunology, Biomedical Sciences, or Biochemistry, will be considered an asset. Candidates in the final stages of obtaining their degree are eligible to apply.

Furthermore, the applicant should be able to perform team-oriented as well as independent work.

Required Languages

ENGLISH: Excellent, both written and spoken.

Skills/Qualifications

Essential skills:

  • Proficiency in machine learning techniques.
  • Strong programming skills, preferably in Python.
  • Solid foundation in mathematical modelling, probability and statistics.
  • Ability to work collaboratively in an interdisciplinary team.
  • Good communication skills in English (both written and spoken).

Good To Have

  • Experience in computational biology.
  • Familiarity with multi-omics data analysis.
  • Knowledge of interpretable deep learning methods.
  • Good understanding of immunology and/or microbiology.

We offer

The MIRACLE network, funded by the European Commission (2024-2028), is made up to train a new generation of researchers working on the latest advances in single-cell biology, multi-omics analysis, and the newest insights in macrophage biology in the context of cardiometabolic disease. These advances revealed heterogeneous and dynamic accumulation of (immune) cell populations in tissues that are associated with disease initiation, development, and particularly clinical outcome, a notion that has immense implications on our view of chronic inflammatory diseases and their treatment.

Applications will be considered on a rolling basis until June 30, 2024. Interested candidates should submit a short letter of interest outlining their reasons for applying to our group, a curriculum vitae including the names of two references, a list of publications, and copies of academic qualification certificates as a single PDF file by email to: Cornelia Mileto.

For more information, visit our website.

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